Dibuka pada tahun 1984 dengan kemasukan pertama pelajar tingkatan 3 (Batch: 1982) yang sebelumnya ditumpangkan di MRSM Muar, Johor dan pelajar tingkatan dua (Batch: 1983) yang sebelumnya ditumpangkan di MRSM Terendak, Melaka. Pelajar tingkatan satu (Batch: 1984) masuk pada 24 Mac 1984. Ketika itu MRSM Balik Pulau masih tidak siap sepenuhnya tetapi dibuka juga untuk kemasukkan pelajar-pelajar.
Pada tahun 1986, disebabkan status MRSM Kulim ditingkatkan kepada Kolej, semua pelajar tingkatan 4 MRSM Balik Pulau (Batch: 1983) dipindahkan ke lain-lain MRSM serata Malaysia untuk membuka kekosongan kepada pelajar-pelajar tingkatan 1 dan 2 dari MRSM Kulim.
Dalam beberapa tahun awal kemasukan pelajar ke MRSM ini, mereka memasuki kuliah yang dipecahkan ke beberapa kategori seperti Sains, Sains Sosial, Bahasa dan Matematik di mana pelajar-pelajar berpindah dari satu kelas ke kelas yang lain untuk belajar. Pilihanraya pemilihan Badan Wakil Pelajar (BWP) yang pertama diadakan pada tahun 1985.